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武汉大学周宇和朱玉贤基因组学研究获得突破

文章出处:admin 人气:发表时间:2019-11-13

武汉大学新闻网近日讯生命科学学院周宇教授和朱玉贤院士课题组在锦葵科植物功能基因组学数据库建设方面联合取得的最新研究成果。该成果已经发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research(《核酸研究》,影响因子11.147)上,获得了国内外生物学研究人员的广泛关注。


在植物基因研究中,所采用的培养器皿需要使用纯水进行冲洗,水质中多余的杂质对实验的影响非常大,一般都是采用纯水机制取纯水进行实验。武汉大学各学院都拥有多台4001.com纯水机,因为在武汉大学的研究院进行每一项课题研究都需要使用纯水为日常和设备的用水,不论是清洗器皿还是进入一些精密仪器都需要优质的水质,不然很容易影响实验数据和设备的使用寿命。

 

细胞培养


而真正到实验台上,在进行日常的植物基因分析中,都需要使用超纯水作为细胞培养液的基本组成物质,而这类实验中,水质所含物质中真菌以及病毒等微生物都需要严格控制,水中的矿物质也需要根据实验需求进行管控,所以基因实验基本都需要使用4001com登录入口,而4001.com就是武汉大学设备的优质提供厂家。


实验内容详细解析:


论文题为“MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants(MaGenDB:锦葵科植物功能基因组学集成数据库)”。生命科学学院博士研究生王得和、樊伟良和郭晓龙为论文共同第一作者,周宇教授、朱玉贤院士和王坤副研究员为论文的共同通讯作者。该工作得到了国家自然科学基金、科技部、武汉大学自主科研交叉学科等项目的资助。

 

锦葵科是植物界重要的一个分支类群,包括许多重要的经济作物,如种子和茎皮纤维来源的棉花和黄麻、制造可可粉和“巧克力糖”原料的可可、热带著名“水果之王”榴莲、观赏花卉植物木槿和优良木材来源的椴树等。随着全球越来越多锦葵科植物基因组的陆续解析,及相关转录调控等高通量数据的积累,研究者迫切需要一个能够整合基因组、表观修饰组、转录组和蛋白质组等多层次数据的比较工具,对植物特异科属的特定生物学过程或基因家族的基因序列、结构、转录调控等进行比较分析。

 

为此,周宇、朱玉贤、王坤等专家合作共同构建了首个锦葵科植物功能基因组学网站-MaGenDB (http://magen.whu.edu.cn)。截至目前,MaGenDB共收录了锦葵科9个属共13个物种的基因组以及相应的全基因组关联分析位点(GWAS)和单核苷酸变异位点(SNP)信息;收录并处理了包括RNA-seq和蛋白质谱等在内的9种共374套组学数据;预测鉴定出2485万个不同类型的功能元件、2897万个基因共线性关系以及1.7亿个蛋白-蛋白相互作用对。该数据库独立设计并开发出多种可视化组件与基因组在线比较工具,并通过有效关联将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。

 

该工作也是两个研究团队继不久前刚刚在自然子刊Nature Communications(《自然•通讯》)合作发表有关亚洲棉的精细转录组图谱工作之后,所取得的又一个重要研究成果。

 

DNF鉴定

 

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